Фамилия Хонны — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, эта фамилия не образует притяжательного значения («чей?»). Суффикс -ны указывает на иную, скорее всего, западнославянскую или балтийскую модель словообразования. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на землях бывшей Речи Посполитой — в Польше, Беларуси или Литве, где окончание -ny встречается в фамилиях прилагательного типа.

Основа «Хонн» имеет несколько возможных корней. Самый прямой — польское слово «chonny» или «honny», которое в старой орфографии могло означать «честный», «почтенный», но с оттенком «спесивый» или «гордый». В таком случае фамилия могла быть прозвищем: либо уважительным, данным за прямоту и достоинство, либо ироничным — для человека, который «задирал нос». Вторая версия отсылает к немецкому «Hohn» (насмешка, издевка) — фамилию могли получить переселенцы из немецких колоний, но в славянской среде такое прозвище звучит маловероятно.

Ещё одна гипотеза — топонимическая. На карте Польши и Беларуси встречаются небольшие населённые пункты с корнем «Хонь» или «Хонна». В таком случае фамилия Хонны — это указание на выходца из конкретного места: «тот, кто из Хонн». Форма множественного числа (как у русских фамилий Черных, Долгих) здесь не работает: окончание -ны — это польский падеж, характерный для шляхетских фамилий на -ski: например, «z Chonny» — «из Хонны».

В России фамилия встречается точечно, чаще всего в записях конца XIX — начала XX века. Она не была массовой ни в одном сословии: её носителями могли быть и обедневшие шляхтичи, и крестьяне, переселившиеся из западных губерний. Сегодня носители фамилии живут в основном в центральной России и Сибири, что подтверждает миграционную историю: предки уехали с запада в ходе столыпинских реформ или после Первой мировой войны.