Фамилия Хонобьева — вариант женского рода от Хонобьев, и её разбор лучше начать с неочевидного корня. В основе лежит прозвище Хонобей, которое в русских говорах, особенно южных и рязанских, означало «хонобь» — забота, хлопоты, иногда суета или докука. Человека могли прозвать Хонобьем за беспокойный характер, привычку вмешиваться или, наоборот, за чрезмерную хозяйственность. Глагол «хонобить» (или «ханобить») в диалектах значил «беречь, копить, лелеять», но также «докучать, надоедать просьбами». Второе значение, скорее всего, и породило прозвище.

Модель образования проста: прозвище Хонобей + патронимический суффикс -ев (в говорах -ов часто заменялся на -ев после мягкого согласного). Фамилия Хонобьев фиксируется в документах XVII века, например, в переписях Елецкого уезда, где упоминаются служилые люди по прибору — казаки и стрельцы. Это указывает на то, что носители фамилии изначально не были крепостными, а несли государственную службу на южных рубежах. География фамилии до сих пор тяготеет к Тамбовской, Рязанской и Липецкой областям.

Спорный момент — возможная связь с тюркским словом «хоноб» (разновидность сосуда или мера сыпучих тел). Но эта версия слабая: в тюркских языках такого корня с близким значением нет, а в русских диалектах слово «хонобь» хорошо задокументировано. Поэтому прозвищное происхождение от беспокойного или запасливого человека — основное и самое правдоподобное. Фамилия редкая, не путать с более частыми Хонякиными или Хоневыми — у них другие корни, от имени Хона (производное от Иоанн).