Фамилия Хонтура звучит непривычно для русского уха, и это не случайно. Скорее всего, она не славянского, а тюркского происхождения. В основе лежит прозвище, образованное от слова «хонтур» или близкого к нему. В некоторых тюркских языках, например, в казахском или татарском, «қоңыр» (конур) означает «бурый», «смуглый», «темный», а также «глухой» (о звуке). Суффикс -а мог быть прибавлен на русской почве для адаптации фамилии, либо это часть более сложного тюркского слова. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище Хонтура за смуглый цвет лица или за глуховатый голос.

Модель образования фамилии нетипична. В русской традиции фамилии редко заканчиваются на -а без суффикса принадлежности (-ов, -ин). Это указывает на то, что фамилия закрепилась в той форме, в какой её записали со слов носителя, без дополнительной русификации. Сравните с фамилиями тюркского происхождения вроде Кутузов (от «кутуз» — бешеный) или Тургенев (от «тюрген» — быстрый) — они получили суффикс -ов. Хонтура же осталась в «чистом» виде, что говорит о её позднем оформлении или о том, что она бытовала в среде, где русская модель фамилеобразования не была строго обязательной.

География фамилии подтверждает эту версию. Хонтура встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где исторически были сильны тюркские и финно-угорские влияния. Есть небольшая вероятность, что корень связан с венгерским словом «kontúr» (контур, очертание), но это маловероятно: фамилия не встречается в западных регионах России, и путь такого заимствования не прослеживается. Венгерское слово само по себе позднее, из французского.

Если отбросить редкие версии, остаётся одно: Хонтура — это прозвище, данное по внешнему признаку (смуглый, темноволосый) или по особенности речи (глухой, невнятный). Предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или служилыми людьми из тюркской среды, которые со временем перешли на русский язык, но сохранили в фамилии память о своём происхождении. Сословная принадлежность не определена — фамилия не дворянская и не купеческая, а значит, её носили простые люди.