Фамилия Хонюшкина — женская форма фамилии Хонюшкин, и её разговорное, почти домашнее звучание сразу указывает на суффикс -ушк-. В русском языке этот суффикс уменьшительно-ласкательный, но в фамилиях он не обязательно говорит о нежности. Скорее, он прикреплялся к основе, которая сама по себе была прозвищем или именем, и превращал её в фамильное прозвание: Хонюшка — сын Хони, внук Хони, а потом уже Хонюшкины.

Основа фамилии — Хоня. Это краткая, народная форма крестильного имени Харитон (в быту — Харя, Хоня) или, реже, Филон. Харитон означает «щедрый, милостивый» (от греческого charis — милость). В русских деревнях имя быстро обрастало уменьшительными вариантами: Хоня, Хонька, Хонюшка. Фамилия Хонюшкин, таким образом, значит «потомок Хони», то есть Харитона.

Географически фамилия редкая. По данным современных списков, Хонюшкины встречаются в основном в центральной России и Поволжье, но никогда не были массовыми. Это типичная «гнездовая» фамилия, которая могла возникнуть в одном селе или волости и долго не выходить за его пределы. В дореволюционных источниках, например в метрических книгах, её стоит искать в Вятской, Костромской или Нижегородской губерниях — там, где любили сокращать имена до коротких, звонких форм.

Интересно, что суффикс -ушк- в фамилиях встречается реже, чем -ов, -ев или -ин. Он придаёт фамилии оттенок простонародности, почти крестьянской ласки. В дворянской среде такие фамилии не приживались — там предпочитали более «строгие» модели. Так что предки носительницы фамилии Хонюшкина, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а сама фамилия сохранила тёплый отпечаток деревенского быта, где Харитона звали не иначе как Хонюшкой.