Фамилия Хотомцев — редкая, и её разбор требует внимания к деталям словообразования. В основе лежит прозвище или имя Хотомец, которое, скорее всего, происходит от глагола «хотеть» или «хотить» (в диалектах — желать, стремиться). Суффикс -ец в таких прозвищах часто указывал на носителя качества: Хотомец — «тот, кто хочет», «желающий», возможно, человек с сильными амбициями или настойчивый в своих стремлениях. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: на вопрос «чей?» отвечали «Хотомцев сын», то есть потомок человека по прозвищу Хотомец.

Интересно, что основа могла быть и топонимической. В русских говорах слово «хоть» или «хота» иногда означало хутор, отдельный дом или усадьбу. Тогда Хотомец — житель такого хутора, «хуторянин». Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается в южнорусских и украинских регионах, где хутора были распространены. В таком случае фамилия Хотомцев указывает на место жительства предка, а не на его характер.

Фамилия не входит в число распространённых дворянских родов, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Скорее всего, предки носителей фамилии были вольными или государственными крестьянами, жившими на хуторах или в небольших селениях. Словообразовательная модель с суффиксом -цев (а не -ов) встречается реже и характерна для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием -ец, что делает Хотомцев более редкой по сравнению с однокоренными Хотовыми или Хотенковыми.