Фамилия Хотюн — редкий пример, где основа угадывается сразу, но её происхождение неочевидно. В ней нет ни суффикса -ов/-ев, ни -ин, которые типичны для русских фамилий. Хотюн — это «прозвищная» фамилия в чистом виде, застывшая в форме имени или прозвища. Такие фамилии чаще встречаются на Украине и в южнорусских регионах, где модель «прозвище как фамилия» была распространена.

Корень «хот» — древний и многозначный. Самое прямое объяснение: от древнерусского глагола «хотети» (желать, хотеть). В этом случае Хотюн — прозвище человека, который «хотел» чего-то большего, возможно, честолюбивого, настойчивого или капризного. Но есть и другая версия, более глубокая. В древнерусских именах корень «хот» входил в состав двусоставных имён: Хотен, Хотимир, Хотян. «Хот» здесь означало «желанный», «милый» — так называли долгожданного ребёнка. Хотюн могло быть сокращённой, ласковой формой такого имени, со значением «желанный, любимый».

Суффикс -юн в прозвищах часто придавал оттенок действия или свойства: говорун, ворчун, крикун. Хотюн — «тот, кто хочет» или «тот, кто постоянно чего-то желает». В украинском языке этот суффикс ещё активнее, и фамилия Хотюн может иметь именно украинские корни. Встречается она преимущественно в Черниговской, Сумской областях Украины и в приграничных районах России, что подтверждает южное происхождение.

Если отбросить прозвищную версию, остаётся редкая возможность: Хотюн могло быть топонимическим прозвищем — от названия села или хутора Хотюн, но таких топонимов в известных источниках не зафиксировано. Поэтому надёжнее всего считать фамилию прямым потомком древнего имени-прозвища, которое описывало либо характер человека, либо то, как его ждали в семье. Спор между этими двумя версиями разрешается в пользу «желанного»: в народной ономастике ласкательные и охранительные имена были гораздо распространённее, чем прозвища по капризному нраву.