Фамилия Ховакимян — редкий пример армянской фамилии, образованной от имени, которое в русской передаче почти не встречается. Её основа — мужское личное имя Ховаким, армянский вариант библейского Иоаким (в русской традиции — Яким или Аким). Имя восходит к древнееврейскому Йехояким, что значит «воздвигнутый Богом» или «Яхве (Бог) восстановит». Фамильный суффикс -ян (в дореволюционной орфографии — -янц) — типичный армянский патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду: «из рода Ховакима».

Интересная особенность Ховакимян — написание через «о» в первом слоге. В классическом армянском языке имя звучит как Հովակիմ (Hovakim), и в русских документах его часто передавали через «Оваким» или «Аваким». Форма «Ховаким» — результат влияния западных диалектов армянского, где начальный звук «h» (придыхание) сохраняется и передаётся на письме. Поэтому носители фамилии Ховакимян — выходцы из западной части исторической Армении (территории современной Турции, сирийские или ливанские армяне) либо их потомки, эмигрировавшие в Российскую империю или СССР в разные периоды.

С точки зрения социальной истории, фамилия Ховакимян не указывает на конкретное ремесло или сословие, а закрепляет память о предке по имени Ховаким. Среди носителей могли быть и крестьяне, и ремесленники, и священники (имя популярно в церковной среде). В России фамилия встречается редко, в основном в Краснодарском крае, Ставрополье и Москве — регионах, куда направлялись потоки армянских переселенцев в XIX–XX веках.

Примечательна и грамматическая судьба фамилии: в русском языке она склоняется по правилам мужского рода (Ховакимяна, Ховакимяну), но женский вариант остаётся неизменным. Из-за редкости и необычного звучания её часто путают с фамилией Ховакимов — русским аналогом от того же имени, но с суффиксом -ов. Однако Ховакимян сохраняет армянскую модель образования, и именно этот суффикс — главный маркер её происхождения.