Фамилия Ховченина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основного варианта, а мужская (Ховченин) встречается реже или вовсе утрачена. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ на -а/-я: от прозвища или профессии, оканчивающейся на -а. Здесь основа — Ховченя или Ховча, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ховченин, то есть сын или потомок Ховчени.

Корень «ховч-» — тёмный и неочевидный. Скорее всего, он связан с украинским или белорусским диалектным словом «ховть» или «ховча» — так в некоторых говорах называли мешок, куль, либо нечто вздутое, набитое. В одном из значений «ховча» могло быть прозвищем человека плотного, неуклюжего или, наоборот, запасливого, «набитого» добром. Реже выводят от глагола «ховати» (прятать, хранить) — тогда прозвище Ховча означало бы скрытного или бережливого хозяина.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях — зонах, где пересекались русские и украинские диалекты. Именно там модель фамилий на -а/-я с последующим -ин (как Ховченин, Коваленин, Пономаренин) была особенно распространена: она указывала на происхождение от человека, названного по ремеслу или прозвищу с конечным -а.

Важно не путать Ховченину с фамилией Ховченко — та образована по украинской модели (суффикс -енко, «сын Ховчи») и встречается намного чаще. Ховченина же — более редкая и узколокальная форма, сохранившая архаичный способ именования по отцу через -ин, но не от имени, а от прозвища.