Фамилия Хоютанова звучит непривычно для русского уха, и это не случайно. Её корни уходят не в славянскую, а в тюркскую языковую среду. Самая вероятная версия связывает её с мужским личным именем Хоютан, которое образовано от тюркского слова «хой» (овца) с уменьшительным суффиксом «-тан». В таком случае имя Хоютан означало «овечка», «ягнёнок» — ласковое прозвище, которое давали младшему ребёнку или человеку с мягким, кротким нравом. В пользу этой гипотезы говорит и то, что подобные «овечьи» имена (Койлы, Койбагар) широко встречаются в казахской, башкирской, татарской антропонимике.

Фамилия образована по русской модели притяжательного прилагательного с суффиксом «-ов». К основе Хоютан добавили суффикс «-ов», а затем окончание «-а», указывающее на женский род. Таким образом, Хоютанова — это «дочь (или жена) Хоютана». Русская модель здесь наложилась на тюркскую основу, что типично для фамилий народов Поволжья, Урала и Западной Сибири, которые входили в состав Российской империи и чьи имена адаптировали к местному делопроизводству.

География фамилии сегодня довольно узкая. По данным открытых источников, большинство носителей фамилии Хоютановы сосредоточены в Оренбургской области и соседних регионах Южного Урала — зоне давнего и плотного контакта русских, татар, башкир и казахов. Именно там, среди тюркоязычного населения, имя Хоютан могло бытовать как полноценное личное имя, а затем, при переходе к фамилиям, закрепиться в документах.

Менее убедительна версия, возводящая фамилию к монгольскому слову «хойт» (северный, задний). Слово «хойт» действительно встречается в монгольских именах и названиях родов, но в русской передаче оно обычно даёт варианты «Хойтов» или «Хойт». Форма «Хоютан» с суффиксом «-ан» для русского уха выглядит скорее как тюркское уменьшительное, чем как прямая заимствованная основа. Поэтому связь с «овечкой» остаётся основной рабочей гипотезой.

Сословная история фамилии не прослеживается по документам. Скорее всего, предки Хоютановых были государственными крестьянами или казаками — именно эти группы населения на Южном Урале в XVIII–XIX веках чаще всего получали фамилии от бытовых прозвищ и личных имён.