Фамилия Хришнивкова — редкий случай, когда написание подсказывает путь разбора быстрее, чем звучание. Если произнести её вслух, слышится «Хришнивкова», и первое, что приходит в голову, — основа «хрищ» или «хриш». Но на письме отчётливо видна буква «е»: Хришнивкова. Это наводит на мысль, что исходная форма мужской фамилии — Хришнивков, а не Хришников.

Корень здесь — «Хришнев» или «Хришнёв». Скорее всего, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Хришня. Такие имена образовывали от глагола «хрипеть» или «хриш» — диалектного варианта слова «хрип». В русских говорах «хриш» означало хрипоту, осиплость. Человек с хриплым голосом или часто болевший горлом мог получить прозвище Хришня. Суффикс -ня типичен для прозвищ по внешнему признаку или состоянию (ср. Ворчня, Молчня).

Далее к основе Хришня добавили суффикс -ов-, образующий фамилии от прозвищ на -я: Хришнев — сын Хришни. А потом появился ещё один суффикс -к-, который в русских фамилиях часто выполнял роль уменьшительности или указывал на принадлежность к младшей ветви рода. Так из Хришнев получился Хришнивков (с переходом «е» в «и» перед суффиксом). Вариант с -к- встречается реже, чем просто Хришнев, и может указывать на то, что предок был не прямым потомком Хришни, а, скажем, внуком или человеком из боковой линии.

Женская форма Хришнивкова — это стандартное окончание для фамилий на -ов/-ев. Она не несёт дополнительного смысла, кроме грамматического: так назвали замужнюю женщину или дочь по отцу.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где диалектная форма «хриш» более употребительна, чем «хрип». Встречается она редко, и в дореволюционных переписях могла записываться с вариантами: Хришнев, Хришников, Хришнивков. Написание через «и» после «ш» — результат поздней унификации под влиянием произношения.