Фамилия Хубоян звучит непривычно для русского уха, и это подсказка: перед нами типичная армянская фамилия с суффиксом -ян, который в исходной форме означает «из рода» или «принадлежащий». В русской традиции такие фамилии склоняются по правилам мужского рода: Хубояна, Хубояну и так далее. Основа фамилии — Хубо — скорее всего, восходит к армянскому имени или прозвищу.

Наиболее вероятное объяснение: имя Хубо или Хуб — это сокращённая форма от армянского имени Хуберт или Хубайр, которое, в свою очередь, имеет древнегерманские корни (Hugibert — «светлый умом»). В Армении такие имена могли появиться через посредничество Византии или крестоносцев, но закрепились в виде народных вариантов. Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с армянским словом «хуб» — «хороший, добрый» (сравните с турецким iyi, но в армянском это заимствование из персидского). Тогда Хубоян — «сын доброго человека», то есть прозвище, данное предку за его нрав.

Географически фамилия Хубоян встречается в основном среди армян, живших на территории исторической Западной Армении (ныне восток Турции) и в регионах, где были крупные армянские общины — в Карабахе, Сюнике. После геноцида армян 1915 года носители фамилии расселились по всему миру, но в России и странах СНГ она остаётся редкой. В отличие от массовых фамилий на -ян (Петросян, Арутюнян), Хубоян не имеет явной привязки к ремеслу или профессии — это чисто родовая фамилия, образованная от личного имени.

С точки зрения словообразования, суффикс -ян в армянском языке выполняет ту же функцию, что и русские -ов/-ев: указывает на происхождение от отца. Поэтому Хубоян буквально значит «потомок Хубо». Имя Хубо в армянских источниках встречается в средневековых записях, но не было широко распространено, что делает фамилию сравнительно редкой. Если ваш предок носил её, скорее всего, он происходил из небольшой родовой группы, где имя Хубо передавалось как отчество или прозвище.