Фамилия Худагулян — армянская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в рамках армянской ономастики, а не славянской, хотя носители фамилии живут и в России. Ключевой элемент здесь — суффикс -ян, один из самых распространённых в армянских фамилиях. Он восходит к древнему показателю родительного падежа и по сути означает «из рода», «принадлежащий». То есть Худагулян — это «из рода Худагула» или «потомок Худагула».

Основа фамилии — Худагул — сложное слово, и его состав говорит о возможном тюркском влиянии, что для армянских фамилий, особенно на востоке исторической Армении, не редкость. Первая часть, «худа», восходит к персидскому «хода» (خدا) — «бог», «господь». Вторая часть, «гул», скорее всего, от тюркского «kul» — «раб», «слуга». В целом имя Худагул означает «раб Божий», «слуга Господа». Это теофорное имя, то есть содержащее имя Бога, и такие имена встречались у народов, испытавших влияние исламской культуры, — у тюрок, персов, а также у армян, живших в регионе с сильным тюрко-персидским окружением.

Вероятнее всего, фамилия образовалась от личного имени Худагул, которое давали ребенку, чтобы подчеркнуть его смирение перед Богом. Позже, когда у армян в XIX веке массово закреплялись фамилии (особенно после реформы в Российской империи), это имя перешло в фамилию с помощью патронимического суффикса -ян. Носители фамилии — это потомки человека по имени Худагул. Никакого отношения к русскому слову «худой» или украинскому «худа» (беда) фамилия не имеет — это случайное созвучие.

Географически фамилия Худагулян чаще всего встречается среди армян, происходящих из Западной Армении (исторические области Васпуракан, Ахлат), а также из регионов, где армяне долго жили в тюрко-персидском окружении — например, из Нахичевани или Арцаха. В России фамилия встречается у потомков армянских переселенцев, в том числе из Нагорного Карабаха. Единичные носители есть и в Грузии (в Джавахетии), и в диаспоре. Схожие по модели фамилии — Худадатян (от Худадат — «данный Богом»), Худавердян (от Худаверди — «дал Бог»). Все они построены по одной логике: основа — персидско-тюркское имя с корнем «хода», суффикс — армянский -ян.