Фамилия Худоненко образована по той же модели, что и тысячи других украинских фамилий на -енко. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках в Поднепровье и Слобожанщине означал «сын» или «потомок», а позже закрепился как фамильный. Так из прозвища отца возникала фамилия семьи. В основе лежит прозвище Худой — но не обязательно в значении «тощий». В диалектах и документах XVI–XVII веков «худой» часто значило «плохой», «негодный», «слабый», а иногда и «бедный», «неимущий». Человек, которого прозвали Худым, мог быть невысокого роста, хилого сложения или просто неудачливым в делах.

Фамилия характерна для центральной и левобережной Украины — Черкасская, Полтавская, Сумская области. Встречается и в южнорусских регионах, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Родственные фамилии — Худенко, Худяков, Худов — образованы от того же корня, но разными суффиксами. Худоненко стоит в ряду патронимических фамилий на -енко, которые в украинской ономастике считаются «младшими» по времени: они вытеснили более древние формы на -ович/-евич.

В написании фамилии возможен вариант Худоненко (с одной «н») — это норма для украинской орфографии, где суффикс -енко не удваивает согласную. В русской среде иногда встречается ошибочное написание Худонненко, но оно не имеет исторического обоснования. Социальный состав носителей — в основном крестьянство и казачество: фамилии на -енко редко встречались у шляхты, которая предпочитала польские модели на -ский/-цкий.

Итак, фамилия Худоненко прямо говорит о предке, которого окружающие называли Худым. Это не оценочное суждение о внешности, а бытовое прозвище, закрепившееся в роду. Точное значение зависит от местного говора: где-то это «сухой», где-то «бедный», где-то «неказистый». Но во всех случаях — живое слово из народной речи, ставшее фамильным знаком.