Фамилия Худукон — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — не прозвище и не профессия, а название реки Худукон в Забайкалье, левого притока Чикоя. Река протекает в Красночикойском районе, и именно там, в среде старообрядцев-семейских, фамилия встречается до сих пор. Форма на -ов (Худуконов) была бы ожидаемой, но вариант Худукон — усечённая, «окаменевшая» форма, которая могла закрепиться при переписях как прозвище по месту жительства: «Худукон» — значит «тот, кто с Худукона».

Гидроним Худукон, скорее всего, тунгусского или бурятского происхождения. В эвенкийском языке «куду» или «худу» может означать «болото», «топь», а суффикс -кон — уменьшительный. То есть Худукон — «маленькое болотце» или «топкое место». Человек, получивший такую фамилию, вероятно, жил на одноимённом урочище, зимовье или заимке у этой реки.

Словообразовательная модель нестандартна. Обычно русские фамилии от названий рек образуются через суффикс -ский (например, Волконский от Волконы) или -ин/-ов. Здесь же мы видим чистую основу без патронимического суффикса — так в XIX веке иногда фиксировали прозвища выходцев из глухих мест. В метрических книгах Забайкалья можно встретить запись «крестьянин Худукон», где фамилия ещё не отделилась от прозвища.

Есть и маловероятная версия: от тюркского «худу» — «раб», «слуга» с уменьшительным суффиксом. Она не выдерживает критики: для тюркских заимствований в Забайкалье больше характерны фамилии на -ев (Худуев, Худушев), а форма Худукон完全不 типична для тюркской ономастики региона.

Таким образом, фамилия Худукон — почти стопроцентный маркер происхождения из юго-западного Забайкалья, с берегов одноимённой реки. Предки носителя — скорее всего, крестьяне-старообрядцы, освоившие эти земли в XVIII–XIX веках.