Фамилия Худушина — женская форма фамилии Худушин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель образования здесь — классическая для русского Севера и Поволжья: притяжательный суффикс -ин, который присоединяли к основе, оканчивающейся на -а или -я. В данном случае основа — «Худуша». Это не полное крестильное имя, а производная, усечённая форма от какого-либо личного имени.

Самая вероятная версия восходит к имени Худой. В древнерусском языке слово «худой» имело не только современное значение «тощий», но и более широкий спектр смыслов: «плохой», «слабый», «незнатный», «бедный». В народной среде такие имена-прозвища давали не в обиду, а как оберег или по реальному положению дел. Ребёнка могли назвать Худым, чтобы «злые силы» не позарились на него, считая его «плохим» и не стоящим внимания. От этого имени образовалась уменьшительная форма Худуша — ласковое или обиходное обращение к человеку по имени Худой. Соответственно, Худушин — буквально «сын Худуши», то есть потомок того, кого в семье звали Худушей.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с диалектным словом «худуш» — так в некоторых говорах называли скупого, жадного человека или, наоборот, хилого, болезненного. Но эта гипотеза слабее: прозвища на -уш(а) в русской ономастике почти всегда образуются от личных имён (Петруша, Ванюша, Микуша), а не от нарицательных существительных.

Географически фамилия Худушины встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях — именно там была сильна традиция «домашних» имён и прозвищ, которые затем закреплялись в качестве фамилий. В сословном отношении это почти наверняка крестьянская фамилия: в среде дворянства или духовенства такие «простые» основы практически не встречались.

Таким образом, фамилия Худушина — не про внешность предка, а про его имя-оберег или прозвище по характеру, данное в быту. Её носительница в прошлом — дочь или жена человека, которого в семье уважительно, но по-свойски называли Худушей.