Фамилия Хуёня — редчайший случай в русской ономастике, и её разбор требует осторожности: перед нами не столько фамилия в привычном смысле, сколько прозвищное образование, которое могло закрепиться в каком-то одном роду случайно или намеренно. Скорее всего, основа — не матерное ругательство в современном значении, а диалектное или архаичное слово. В русских говорах «хуёня» или «хуйня» фиксировалась как обозначение чего-то несерьёзного, пустякового, дрянного (ср. «ерунда», «чепуха»). Но у этого корня есть и другие, не бранные смыслы: в некоторых областях «хуй» называли длинный стебель растения, колючку или даже часть ткацкого станка. Соответственно, «хуёня» могло быть прозвищем человека, который занимался пустяками, был нерадивым, либо, наоборот, — того, кто мастерил или продавал «хуёни» (мелкие поделки, безделушки).

Модель образования проста: суффикс -я (как в фамилиях Болтуня, Говоруня) указывает на лицо по характерному действию или свойству. То есть Хуёня — это «тот, кто делает/говорит хуёни». Фамилии на -я обычно оставались в малограмотной среде, часто среди крестьян севера и северо-востока России, где прозвища записывали «на слух» и не стремились причесать под благозвучие. В официальных документах XIX века такая фамилия могла встречаться в глухих деревнях Вологодской, Архангельской или Пермской губерний — именно там сохранялись архаичные говоры, где слово не воспринималось как табуированное.

Второй, менее вероятный вариант: фамилия могла возникнуть из искажённого иноязычного имени или топонима. Например, украинское «Хуня» (уменьшительное от Феодор или Хома) с добавлением «ё» под влиянием акающего произношения. Но это лишь гипотеза, не подкреплённая прямыми свидетельствами. В любом случае, Хуёня — не дворянская и не купеческая фамилия; её носители, скорее всего, были черносошными крестьянами или однодворцами, которым прозвище дали односельчане, а переписчики зафиксировали без цензуры.

Сегодня фамилия практически исчезла: в открытых базах данных (например, в телефонных справочниках или списках участников ВОВ) она не встречается. Это значит, что либо род пресёкся, либо потомки сменили фамилию на более благозвучную — например, Хунев или Хунин. Если вы встретили человека с такой фамилией, скорее всего, он из семьи, которая упорно держится за редкое родовое имя, не обращая внимания на его современное звучание.