Фамилия Хуёва — женская форма фамилии Хуёв, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Хуй. Такая основа кажется нецензурной современному уху, но в древнерусской антропонимии слово «хуй» было вполне бытовым и не несло матерной окраски. Оно означало мужской половой орган, но использовалось как обычное название, без табу. От этого слова образовалось множество прозвищ, которые затем стали фамилиями: Хуйков, Хуйкин, Хуёв, Хуенков и другие. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такие примеры приводятся как часть народной традиции именовать людей по частям тела — подобно тому, как возникли фамилии Губа, Нос, Лобов.

Прозвище Хуй могли дать человеку за особенности внешности, поведения или в ироничном ключе. В русских говорах слово «хуй» также имело переносные значения: так называли глупого, упрямого или нахального человека. Не исключено, что прозвище закрепилось за кем-то из-за характера, а не из-за физиологии. Суффикс -ев/-ов указывает на принадлежность: Хуёв — сын Хуя, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Географически фамилия Хуёв (и Хуёва) встречается редко, в основном в центральных и южных регионах России. В переписях XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались среди крестьян и посадских людей, но позднее, с закреплением литературной нормы, многие носители стремились изменить фамилию на более благозвучную. Поэтому Хуёва сегодня — редкий случай, сохранивший архаичное прозвище без эвфемистической замены.

В ономастике важно не путать фамилию Хуёва с похожей по звучанию Хуева, которая может происходить от имени Хуй (сокращение от Худяй или Худей). Но в случае Хуёва корень именно «хуй», с ударением на последний слог. Фамилия не имеет отношения к украинскому «хуя» (куча) или другим диалектизмам — она чисто русская, образованная по стандартной модели отчества.