Фамилия Хукон — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному толкованию с первого взгляда. На слух она звучит как иноязычная, но по модели образования — типично русская: суффикс -ов (-ев) не просматривается, зато отчётливо видна финно-угорская или тюркская огласовка корня.

Скорее всего, перед нами фамилия, застывшая в форме прозвища без патронимического суффикса. В русской ономастике есть пласт фамилий, образованных напрямую от прозвища или имени: Хукон, Худяк, Гуляй. Здесь в основе лежит личное имя Хуко или Хукон — уменьшительная форма от карельского, вепсского или коми имени. В прибалтийско-финских языках «huuko» означает «крик, оклик», а в некоторых диалектах — «филин». Прозвище могли дать громкоголосому человеку или тому, кто работал в лесу и перекликался с товарищами.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: искажённое тюркское «хукан» (повелитель, хан) или «хук» (свободный, вольный). Однако для тюркских фамилий типичнее суффиксальное оформление (-ов, -ев, -ин), а чистая основа Хукон в русских переписных книгах не встречается. Если бы предок был татарином или башкиром, фамилия скорее выглядела бы как Хуконов.

Географически фамилия Хукон привязана к северо-западу России — Карелия, Архангельская область, Вологодчина. В этих краях в XVI–XVII веках активно шёл процесс обрусения карел и вепсов: они получали фамилии по имени отца или по прозвищу, но часто без стандартного русского суффикса, особенно в среде крестьян-общинников. Хукон могло быть уличным прозвищем, которое затем закрепилось как фамилия в нескольких поколениях.

Таким образом, носитель фамилии Хукон с высокой вероятностью имеет северные финно-угорские корни, а его предок носил прозвище, связанное либо с голосом и криком, либо с лесной птицей. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается отсутствием в родословных книгах и редкой встречаемостью в центральных губерниях.