Фамилия Хункермурзаев — редкий случай в русском ономастиконе. Она несёт в себе не славянскую, а тюркскую и арабо-персидскую основу, что сразу указывает на географию и социальный слой её носителей. Скорее всего, фамилия сложилась в среде народов Северного Кавказа (чеченцы, ингуши, кумыки, аварцы) или у тюркских народов Поволжья и Приуралья (татары, башкиры). Русский суффикс -ев, добавленный к основе, — это поздняя русификация при оформлении фамилии в документах, обычно в XIX–XX веках.

Разбираем состав. Первая часть — «Хункер». Это искажённое или диалектное произношение тюркского «ханкяр» или «хункяр» (от персидского «хункар» — «кровопийца»). В Османской империи и в тюркских ханствах так называли султана или верховного правителя, буквально — «проливающий кровь» (в значении «властитель, имеющий право казнить»). Вторая часть — «мурза» (от персидского «мирза» — «сын эмира», «княжич»). У тюркских народов (ногайцев, татар, башкир) мурза — это знать, военно-феодальное сословие, аналог дворянина или князя. То есть «Хункермурза» — это составное имя или прозвище: «князь-властитель» или «ханский мурза».

Исходным для фамилии стало личное имя Хункермурза. Такие двухосновные имена (Ханмурза, Бекмурза, Хункербек) были распространены в знатных родах: родители давали имя, подчёркивающее высокий статус и пожелание власти. Фамилия Хункермурзаев, таким образом, означает «потомок Хункермурзы». Носитель такой фамилии — выходец из семьи, где предок носил это престижное имя или прозвище.

Географически фамилия привязана к регионам, где жили мурзы и бекства: Дагестан, Чечня, Ставрополье, Астраханская область, Татарстан. Встречается она крайне редко — это не массовая фамилия, а штучная, что делает её дополнительным маркером локального рода. В отличие от фамилий на -ов/-ев от простых имён (Иванов, Петров), здесь мы видим прямое указание на сословную принадлежность предков: они были не крестьянами, а представителями военной или землевладельческой знати.

В написании возможны варианты: Хункермурзаев, Хункармурзаев, Хункер-Мурзаев. Дефисное написание чаще встречается в дореволюционных метриках, а слитное закрепилось в советских паспортах. Носители фамилии, как правило, хорошо помнят своё происхождение и часто ведут родословную от конкретного исторического лица, носившего имя Хункермурза.