Фамилия Хурюпупкинский — один из тех редких случаев, когда за нелепым на слух звучанием кроется совершенно прозаическая и даже трогательная история. Вопреки ожиданиям, корень здесь не связан с шутками или кулинарией. Основа фамилии — диалектное слово «хурюпа», которое в ряде южнорусских и украинских говоров означало «морщинистый», «сморщенный», а также «неказистый, плохо одетый человек». Суффикс -уп- (в слове «хурюпа») характерен для экспрессивных прозвищ, часто с оттенком пренебрежения или жалости.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ск(ий), который в русской ономастике чаще всего указывает на территориальную или владельческую принадлежность. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был либо выходцем из населённого пункта с названием Хурюповка, Хурюпино, либо принадлежал к роду помещика или священника с прозвищем Хурюпа. Второй вариант, впрочем, менее вероятен: фамилии на -ский у крестьян и мещан часто давались по названию деревни, откуда человек родом. Если такой деревни не существовало, прозвище могли «облагородить» суффиксом -ский, чтобы придать ему более книжный, фамильный вид — так иногда поступали с семинаристами или приписными казаками.

Само прозвище Хурюпа могло быть дано человеку за внешность — морщинистому, худому, с «собранным» лицом, — либо за манеру одеваться. В словаре В. И. Даля зафиксировано слово «хурюпать» (рязанское, тамбовское) — «плохо, кое-как делать», что добавляет версию о нерадивом, неаккуратном работнике. Таким образом, Хурюпупкинский — это не «пупкинский», а человек, чей предок получил нелестное, но конкретное прозвище, которое со временем превратилось в редкую дворянскую или мещанскую фамилию.

Встречается фамилия крайне редко, в основном в документах XIX века по Курской и Воронежской губерниям, а также среди переселенцев на Кубани. Судя по окончанию на -ский, её носители не принадлежали к высшей аристократии, но могли быть однодворцами, церковнослужителями или мелкими помещиками — именно эти сословия чаще других оформляли прозвища в фамилии с «дворянским» суффиксом. Связи с известными историческими личностями нет, и это не умаляет ценности фамилии для её обладателя: она сохранила живую народную речь и указание на конкретного, пусть и неказистого, предка.