Фамилия Хутоная — редкий случай, когда географическая основа почти полностью совпадает с формой, закреплённой в паспорте. В русской фамильной системе суффикс -ой типичен для прилагательных (Толстой, Босой), но у Хутоной он не столько грамматический, сколько топонимический. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия населённого пункта — хутора. В южных и центральных губерниях России, а также на Украине и Кубани словом «хутор» называли отдельное крестьянское хозяйство или небольшое поселение без церкви. Жителя такого хутора могли прозвать «хуторной» или «хуторянин», а фамилия Хутоная в женском роде закрепилась, вероятно, через вдову или дочь, которую в ревизских сказках записали как «Хуторная» (с ударением на первый слог). Со временем буква «о» в корне могла замениться на «а» под влиянием акающего произношения — так и получилась Хутоная.

Обращает на себя внимание окончание -ая, которое не меняется по падежам, как у многих фамилий украинского или южнорусского происхождения. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, эта форма не указывает на принадлежность отцу («чей?»), а описывает признак: «та, что с хутора». Это сближает её с фамилиями-прозвищами, которые давали не по имени предка, а по месту жительства. Если бы фамилия была мужской, она звучала бы как Хуторной, но в женском варианте сохранилась именно в той записи, которую застали чиновники при первой фиксации.

География фамилии, судя по разрозненным данным, тяготеет к Краснодарскому краю, Ростовской области и Украине — регионам, где хуторской уклад был особенно распространён в XIX веке. Встречаются и единичные случаи в Беларуси. При этом фамилия остаётся малочисленной: её носители вряд ли исчисляются тысячами, что характерно для «молодых» фамилий, сложившихся уже после отмены крепостного права, когда крестьяне получали фамилии по названиям своих селений.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются вывести Хутоную от слова «хутор» в значении «отдельная часть земли», но это лишь повторение топонимической логики. Единственная альтернатива — связь с диалектным глаголом «хуторить» (говорить вздор, болтать), но она слаба: прозвище «Хутора» в значении «болтун» могло бы дать фамилию Хуторин, а не Хуторной. Поэтому версия с хутором-поселением остаётся основной и самой правдоподобной.