Фамилия Хутжятуллина — женская форма фамилии Хутжятуллин, а та, в свою очередь, восходит к татарскому или башкирскому мужскому имени Хутжятулла. Это имя — сложное и составное, арабского происхождения. Первая часть, «хутжя» (или «худжжа»), означает «довод», «доказательство», «аргумент». В исламской традиции «худжжат» — это пророк или святой, несущий людям неопровержимое свидетельство истины. Вторая часть — «улла» (от «Аллах») — «Аллах», «Бог». Таким образом, имя Хутжятулла переводится как «довод Аллаха» или «доказательство Бога».

Модель образования фамилии типична для тюркских народов Поволжья и Приуралья. К мужскому имени на согласный добавлялся русский патронимический суффикс -ин (в значении «чей?», «сын кого?»). Так из Хутжятуллы возник Хутжятуллин, а затем и женская форма Хутжятуллина. Подобные фамилии массово закреплялись за татарами, башкирами и другими тюркоязычными группами в XIX — начале XX века, когда шёл процесс русификации документов и учёта населения. Фамилия не дворянская и не крестьянская в русском сословном смысле — она показательна для духовного сословия (муллы, ахуны) или зажиточных торговцев, так как имя с религиозным оттенком чаще давали в семьях, близких к исламскому образованию.

Встречается фамилия преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Среди однокоренных — Худжатуллин, Хузятуллин, Хужахметов, где корень «хуж(ж)а» меняет огласовку под влиянием местных говоров. В написании «Хутжятуллина» обращает на себя внимание буква «я» — это результат адаптации тюркского звука «ә» (близкого к русскому «я» после мягких согласных) через русскую графику. Встречаются и варианты с «у» после «х» (Хузятуллина) — они отражают диалектное произношение, где «ж» переходит в «з».

Коротко: фамилия указывает на то, что предок носителя носил имя с глубоким религиозным смыслом — «довод Бога», и, вероятно, был человеком книжным, связанным с исламской учёностью или духовным служением.