Фамилия Хуйанова ставит перед исследователем непростую задачу: её звучание и написание допускают несколько прочтений, и каждое ведёт к своей истории происхождения. Всё зависит от того, как произносится исходная латинская транслитерация Hujanova — как «Хужанова» или как «Хуянова».

Если перед нами фамилия Хужанова, её основа восходит к восточному имени Хужан. Это имя, в свою очередь, связывают с персидскими словами: «хуззя» — «хозяин, владелец», или «ходжа» — «человек, совершивший хадж, паломничество к святым местам». В этом случае фамилия указывает на уважаемого человека, возможно, духовного наставника или зажиточного домовладельца, и её распространение стоит искать в регионах с сильным персидским или тюркским влиянием.

Если же фамилия произносится как Хуянова, наиболее правдоподобной выглядит версия о её родстве с фамилией Куянова. В таком случае она восходит к татарскому слову «куян» — «заяц». У тюркских народов существовала традиция давать ребёнку имя, образованное от названия животного. Нарекая младенца Куяном, родители надеялись, что природа воспримет его как своего, а сам он перенял от зверька его лучшие качества — быстроту, плодовитость и осторожность. Замена начального «к» на «х» — типичное фонетическое явление в некоторых тюркских диалектах, что делает эту связь очень убедительной.

Существует и третья, менее распространённая гипотеза. Согласно ей, в основе лежит прозвище Хуян, которое в переводе с монгольского означает «головная боль». Такое прозвище могли дать беспокойному, своенравному человеку, доставлявшему окружающим хлопоты. Однако эта версия выглядит скорее экзотичной, чем убедительной: прозвища с негативным значением, хоть и встречались на Руси, редко закреплялись в качестве фамилий без дополнительных причин.

Морфологически фамилия построена по стандартной русской модели: к основе (Хужан или Хуян) добавляется притяжательный суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («сын такого-то»), а затем родовое окончание -а, типичное для женской формы фамилии. Мужской вариант — Хуйанов. Такая модель была широко распространена в XVI–XVII веках, когда фамилии активно формировались у разных сословий.

Процесс становления фамилий был долгим и запутанным, поэтому точно определить место и время возникновения рода Хужановых или Хуяновых можно только в ходе глубоких генеалогических изысканий. Тем не менее, оба основных прочтения указывают на восточные корни предков — тюркские или персидские, что само по себе сужает круг поиска для тех, кто хочет проследить свою родословную.