Фамилия Хужайахетов — один из тех редких случаев, когда фамилия почти полностью сохраняет исходное арабское имя, лишь обрастая русским патронимическим суффиксом. В основе лежит мужское имя Хужайахет (в арабской графике — Худжайат, Худжайа), которое восходит к арабскому слову «худжжа» — «довод», «доказательство», «аргумент». В исламской традиции «худжжа» — это не просто довод, а божественное свидетельство, которым обладает пророк или святой. Имя Хужайахет, таким образом, означает «обладатель доказательства», «носитель истины» — титул, который могли давать религиозным авторитетам, богословам или проповедникам.

Фамилия образована по классической русской модели: к основе Хужайахет- добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Хужайахета). Это типичная «русская» фамилия у народов, исповедующих ислам, — татар, башкир, народов Кавказа. Встречается она прежде всего в среде татар и башкир, реже — у народов Средней Азии, где арабские имена также распространены, но фамилии чаще образуют с помощью суффиксов -ов/-ев или -зода/-и.

Интересно, что имя Хужайахет — не самое частое даже в арабском мире. В русской записи оно могло искажаться: в дореволюционных метрических книгах и переписях встречаются варианты Хужаяхетов, Худжайахетов, а иногда и Хужахов — от сокращённой формы. Такая вариативность говорит о том, что фамилия не была массовой и фиксировалась на слух, без строгой орфографической нормы.

Носитель фамилии Хужайахетов почти наверняка происходит из рода, где предок выделялся учёностью или религиозным авторитетом. В татарской и башкирской среде такие имена давали муллам, учителям медресе, имамам. Так что, хотя фамилия звучит экзотично для русского уха, её значение — прямое указание на социальный статус предка: человек, который нёс истину и мог доказать её словом.