Фамилия Хварцкия — редкий случай, когда географическое происхождение почти не оставляет сомнений, а вот внутренняя форма слова загадочна. Она явно абхазская или мегрельская, и её носители — это, скорее всего, потомки жителей определённого села или рода, а не ремесленники, получившие прозвище по профессии. В абхазо-адыгских языках фамилии на -иа (или -ипа) указывают на принадлежность к роду: «сын такого-то» или «из такого-то места». Хварцкия — не исключение, хотя основа «Хварц-» не имеет очевидного перевода в современном абхазском языке.

Правдоподобнее всего, что в основе лежит топоним. В Абхазии есть село Хварцки (или Хуарцки) в Гудаутском районе. Житель этого села получал фамилию Хварцкия — «выходец из Хварцки». Такая модель типична для региона: человеку давали фамилию по названию родового аула, и она закреплялась за потомками. Менее вероятна, но не исключена версия, что корень восходит к личному имени или прозвищу, которое со временем вышло из употребления.

Суффикс -ия характерен для западно-кавказского ареала. В русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать иначе, например, как Хварцкий, но местное произношение сохраняло ударение на последний слог: Хварцкия́. Носители фамилии — почти поголовно абхазы, и в дореволюционную эпоху они относились к крестьянскому сословию, часто к категории «государственных» или «свободных» крестьян, а не к княжеским родам. Род Хварцкия не был многочисленным, но устойчиво держался в приморской зоне Абхазии.

Если искать параллели, то в абхазской ономастике есть фамилии Авидзба, Ардзинба, Лакоба — все с тем же суффиксом -ба, который аналогичен -иа. Хварцкия стоит в том же ряду, но с другим окончанием, что указывает на диалектные или исторические различия в оформлении фамилий. По сути, это не столько фамилия в привычном русском понимании, сколько родовое имя, привязанное к кусочку земли на черноморском побережье.