Фамилия Хзаекаес — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью выдаёт иноязычное происхождение. В русской ономастике нет ни суффикса, ни корня, которые могли бы породить такое сочетание букв. Скорее всего, перед нами запись, сделанная на слух или при паспортизации, от фамилии, звучащей иначе.

Самый вероятный источник — греческий или понтийский вариант. В греческом языке есть фамилии, начинающиеся с «X» и содержащие сочетание «-ае-» или «-э-», которое при записи кириллицей могло превратиться в «-зае-». Например, фамилия Ξαέκας (Ксаэкас) или близкая к ней Ξέκας (Ксекас) — от слова ξένος (ксенос), что значит «чужой», «иностранец» или «гость». В понтийском диалекте это слово могло звучать с другим ударением и огласовкой. При записи русским чиновником «кс» превратилось в «хз» (поскольку «х» передаёт глухой заднеязычный, а «з» — озвончение перед гласной), а окончание «-ас» было переосмыслено как «-аес». Таким образом, исходная форма могла быть Ксаэкас или Ксекас, а на письме закрепилось Хзаекаес.

Менее вероятная, но возможная версия — адыгское или абхазское происхождение. В языках Северо-Западного Кавказа есть корни «хза» или «хзае», связанные с понятиями «князь», «владыка» или с названиями родов. Однако для адыгских фамилий характерны окончания «-ов», «-ев» (Хзаев, Хзаекаев) или «-ба», «-ипа». Форма без суффикса, оканчивающаяся на «-ес», встречается у абхазов (например, Хагба, Ардзинба), но не в таком виде. Поэтому эта гипотеза слабее: она не объясняет появление «к» в середине и конечное «с».

Фамилия Хзаекаес почти наверняка не имеет отношения к русским прозвищам или ремёслам. Все попытки разложить её на славянские корни («хзать», «екать») — народная этимология, не подтверждённая исторически. Носители фамилии, скорее всего, имеют греческие (понтийские) корни и происходят из семей, переселившихся в Российскую империю в XIX — начале XX века из Малой Азии или Причерноморья. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её недавнее появление в русском ономастиконе и узкую географию бытования.