Фамилия Кичкильдеев звучит непривычно для русского уха, но её строение выдает тюркское происхождение. В основе лежит сложное имя Кичкильде, которое состоит из двух частей: «кичик» (в разных тюркских наречиях — «маленький», «младший») и «ильде» (от «иль» — «страна», «народ» или «эль» — «племя», «родина»). Получается что-то вроде «малый родины» или «младший из рода». Это типичная для татар, башкир и других тюркских народов модель именования, где имя-оберег или порядковое прозвище (младший сын) соединяли с патриотическим корнем.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию, типичную для XVI–XVIII веков, когда тюркские фамилии оформляли по русскому образцу. Встречается вариант написания с «и» на конце — Кичкильдеев, хотя в старых документах могло быть и Кичкильдеевъ. Фамилия редкая, её географическая привязка — скорее всего, Поволжье, особенно территории бывшего Казанского ханства, где осели служилые татары. В русских переписных книгах XVII века могли писать просто «Кичкильдей», без окончания, а позже добавили русский патронимический суффикс.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа восходит к арабскому «кич» — «гордость» или «достоинство». Но тогда форма была бы иной, например, Кичильдеев, и встречалась бы чаще. Поэтому основной вариант — тюркское имя с уменьшительным оттенком. Носители фамилии, вероятно, были из числа служилых людей, ясачных крестьян или мелких помещиков, принявших православие, но сохранивших родовое имя. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована, что говорит о её простонародном или однодворческом корне.