Фамилия Кифус — случай, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем звучание. Она явно не славянская по корню, а её окончание -ус выдаёт латинское или греческое влияние, которое чаще всего попадало в русские фамилии через польское или украинское посредничество.

В основе фамилии лежит, скорее всего, греческое имя Кифас (Κηφάς). В Евангелии это прозвище, которое Иисус дал апостолу Симону, и означает оно «камень» (арамейское «кефа»). В православной традиции это имя известно, но как фамилия оно встречается редко. Форма Кифус могла возникнуть в западнорусских землях, где греческие имена латинизировали окончанием -us, придавая им книжный, учёный оттенок. В таком случае предок носителя фамилии мог быть либо семинаристом, получившим «благозвучную» фамилию при поступлении в духовное училище, либо человеком, чьего отца или деда звали Кифой, а затем это имя переоформили по польскому образцу.

Менее вероятна, но тоже возможна версия, что Кифус — это искажённая немецкая или еврейская фамилия. В немецком языке есть фамилия Kiefuss, которая могла быть русифицирована до Кифус. В таком случае её разбирали бы как сложное слово: Kief (сосна) + Fuss (нога) — прозвище человека с «сосновой ногой» (возможно, деревянным протезом) или живущего у подножия соснового леса. Однако для России XIX века такой прямой перенос немецкой составной фамилии без перевода — редкость, обычно их переделывали на русский лад.

Географически фамилия Кифус встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её связь с западнорусской ономастикой. Суффикса -ов или -ин в ней нет, то есть фамилия закрепилась в той форме, в которой её записали изначально, — как неделимое прозвание. Это указывает на относительно позднее оформление (XVIII–XIX века), когда фамилии давали не по отцу, а по прозвищу самого человека.

Таким образом, самый вероятный ответ: предок носителя фамилии Кифус — либо человек, носивший имя Кифа, либо выходец из духовного сословия, получивший фамилию по евангельскому имени. В любом случае, корень здесь — «камень», что делает фамилию редким русским отражением древнего библейского прозвища.