Фамилия Киколенко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках был характерен для всей территории современной Украины и означал «сын» или «потомок». По этой модели фамилии давали не только знатным, но и простым людям, и к XIX веку -енко стало одним из самых массовых фамильных окончаний. Поэтому Киколенко — это буквально «сын Киколы» или «потомок Киколы».

Основа фамилии — имя Кикола. Это не каноническое церковное имя, а народная, разговорная форма от канонического имени Николай. В украинской традиции имя Николай давало множество производных: Микола, Миколай, а также Кикола (с заменой начального «м» на «к» по аналогии с другими просторечными формами). Встречается и вариант Киколь. Таким образом, предок носителя фамилии Киколенко был человеком по имени Кикола, то есть Николай в бытовом, домашнем обиходе.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и не вызывает споров: усеченная основа имени Кикол- + суффикс -енко. Никакой иной, более сложной этимологии (например, от тюркского или греческого корня) не требуется — версия с производным от Николая самая простая и лингвистически обоснованная. Альтернативные гипотезы, связывающие фамилию с прозвищем от «кикать» (кричать, плакать) или диалектным «кикол» (вид растения), выглядят натянутыми, поскольку не объясняют массовость и географию фамилии, которая типична для украинского антропонимикона.

Географически фамилия Киколенко сосредоточена в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: вероятно, родоначальник был известен в своей округе именно под этим домашним именем, и его дети получили фамилию по отцу. Социально это были преимущественно крестьяне или казаки — в среде духовенства и дворянства такие фамилии на -енко встречались реже.