Фамилия Килисенко — из тех, что на первый взгляд кажутся «простыми», но при ближайшем рассмотрении ставят перед исследователем вопрос: что в основе? Ответ не лежит на поверхности, и это делает её особенно интересной. По своей модели это типичная украинская фамилия на -енко, что означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. Суффикс -енко прочно ассоциируется с Поднепровьем, Левобережной Украиной и южными областями Российской империи, где в XVII–XIX веках сформировался основной массив таких фамилий.

Сложность в корне «Килис-». Он не имеет очевидного славянского значения. Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени, связанного с тюркским или греческим наследием южнорусских степей. В тюркских языках встречается основа «килис» (или «келис»), которая может означать «церковь» (от греческого «экклесия» через тюркское посредство). В этом случае Килис — прозвище человека, служившего при церкви, жившего рядом с ней или получившего такое имя при крещении. Менее вероятно, но возможно, что это форма имени Килиан (западноевропейского происхождения), редкого в православной среде, но встречавшегося у переселенцев.

Вторая гипотеза, не столь экзотическая, но более спорная, — связь с украинским диалектным словом «килис» или «килиса», обозначавшим нечто согнутое, кривое или даже особый вид посуды. Однако такие значения локальны и слабо задокументированы. Куда правдоподобнее, что основа — личное имя или прозвище, которое со временем утратило первоначальный смысл, оставив лишь фамильный след.

С точки зрения социальной истории, Килисенко — фамилия, которая не принадлежала к дворянским или церковным фамилиям с книжным корнем. Она бытовала в среде казачества, крестьянства и мещанства. Носители её, скорее всего, были свободными или государственными крестьянами, ремесленниками или казаками. География фамилии сегодня разбросана: от Черкасской и Полтавской областей Украины до Краснодарского края и Ростовской области России, что подтверждает её «низовое», переселенческое происхождение.

Таким образом, Килисенко — это фамилия-загадка, где суффикс ясен, а корень требует исторической реконструкции. Вероятнее всего, она хранит память о предке, которого в его окружении называли Килис — возможно, по его отношению к церкви или по редкому имени. Других правдоподобных версий, которые бы выдерживали критику, у современной ономастики нет.