Фамилия Килнайте — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно, а вот корень неочевиден. Фамилия явно литовского происхождения: типичное окончание -айте (-aitė) в литовском языке обозначает незамужнюю женщину по отцу. То есть Килнайте — буквально «дочь Килнаса» или «женщина из рода Килнасов». Если бы фамилию носил мужчина, она звучала бы как Килнас или Килнавичюс.

Основа Килн- восходит к литовскому прилагательному kilnus — «благородный», «возвышенный», «великодушный». Вряд ли это прямое прозвище человека — скорее, фамилия образована от прозвища или имени Kilnus, которое давали человеку с соответствующими чертами характера или положением. В старых литовских метриках встречаются прозвища типа Kilnius, Kilnys — оттуда и пошли современные фамилии.

Версия о балтском происхождении подкрепляется тем, что фамилия Килнайте почти не встречается за пределами Литвы и приграничных районов Беларуси и Польши (исторические земли Великого княжества Литовского). Если предок носителя фамилии был литовцем или жмудином, фамилия могла закрепиться в документах Российской империи при русификации: литовское -aitė иногда записывали как -айте, но могли и переделать в Килнайт или Килнайте без изменений.

Интересная деталь: в литовской ономастике фамилии на -aitė — одни из самых древних, они фиксируются уже в XVI веке. Социальный статус предков мог быть разным: от крестьян до мелкой шляхты, но само значение «благородный» намекает, что прозвище давали не случайно. Впрочем, в крестьянской среде прозвище могло быть ироничным или указывать на поведение, а не на происхождение.

Сравните с однокоренными литовскими фамилиями: Kilnius, Kilnavičius, Kilnauskas. Все они от того же kilnus. Русскоязычные аналоги — Благороднов, Шляхетский — но они встречаются реже и имеют другое происхождение. Килнайте — почти безошибочный маркер литовских корней, и если вы носите эту фамилию, скорее всего, ваши предки жили на территории современной Литвы или Западной Беларуси.