Фамилия Кипакакин — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. С первого взгляда видна типичная русская модель с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кипакакин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кипакака. Но вот само прозвище выглядит нерусским по корню. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от тюркского или кавказского имени или прозвища, которое затем «обрусело» с помощью русского суффикса.

Наиболее вероятная версия: в основе лежит тюркское имя Кипак или Кипакай, распространённое у народов Поволжья и Сибири. В татарском, башкирском или казахском языках «кип» означает «сухой», «жаркий», а «ак» — «белый», «чистый». Имя Кипак могло даваться ребёнку как пожелание здоровья или как оберег от злых духов. Второй корень «как» (или «какын») в тюркских языках иногда означает «родственник», «свойственник» — тогда «Кипакакин» буквально переводится как «родственник Кипака». Удвоение «ка» в середине — типичный для русской записи тюркских имён феномен, когда слово на слух повторяет слог.

Менее правдоподобна, но возможна версия, связывающая фамилию с коми-пермяцким или удмуртским языком. В этих финно-угорских языках есть слова «ки» (рука) и «пака» (гриб) — гипотетически «Кипака» могло быть прозвищем человека с грибной рукой, то есть с мозолистой или широкой ладонью. Однако для такой гипотезы нет надёжных подтверждений в ономастических словарях.

Географически фамилия Кипакакин, судя по скудным данным из открытых источников, встречается в основном в Кировской области и в Пермском крае — регионах, где веками жили вместе русские, татары, коми и удмурты. Именно в этой зоне смешения языков и культур легко могла появиться фамилия с тюркской основой и русским суффиксом. Носители такой фамилии — потомки, скорее всего, крестьян или служилых людей, которые взяли фамилию по имени или прозвищу своего предка-основателя.