Фамилия Кипибида — редкая и нестандартная для русского уха. Она сразу выдаёт нерусское происхождение, причём не тюркское и не финно-угорское, а, скорее всего, греческое. Если отбросить сходство с «кибиткой» (повозкой) и не искать корни в глаголе «кипеть», то наиболее правдоподобная версия — это фонетическая запись греческой фамилии или прозвища.

Основа «Кипи» могла возникнуть от греческого имени Киприан (Κυπριανός) или прозвища, связанного с островом Кипр (Κύπρος). В греческой среде такие сокращения — обычное дело. Вторая часть «бида» (βίδα) переводится с новогреческого как «винт» или «болт». Сложно сказать, было ли это насмешливым прозвищем («винт с Кипра») или указанием на ремесло токаря по металлу, но словообразовательная модель «личное имя/топоним + ремесло» встречается у греков.

В Российской империи греческие фамилии активно русифицировались, особенно у выходцев из Приазовья и Крыма. Кипибида могла закрепиться за греком-переселенцем, которого в документах записали на слух, не вникая в грамматику. Суффикса -ов или -ин здесь нет, что указывает на позднюю фиксацию фамилии в её исходной форме — такие варианты чаще встречаются у духовенства или иностранных колонистов.

Вторая версия — искусственное происхождение. В семинарских фамилиях иногда слепляли латинские или греческие корни для благозвучия, но «бида» (винт) звучит слишком приземлённо для духовного сословия. Поэтому версия с греческим ремесленником или купцом выглядит убедительнее.

География фамилии узкая: носители Кипибида встречаются в Краснодарском крае и Ростовской области — местах компактного проживания греков. В центральной России фамилия практически не известна. Никаких дворянских родов или известных исторических личностей под этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простых людей, скорее всего, ремесленников или мелких торговцев, чьи потомки сохранили редкое родовое имя.