Фамилия Кипилов образована от прозвища Кипило, а оно, в свою очередь, восходит к глаголу «кипеть». В русских говорах «кипелый» означало вспыльчивого, горячего человека, того, кто «кипит» от гнева или нетерпения. Не исключён и профессиональный оттенок: «кипилой» могли назвать человека, занятого на варке — солевара, пивовара или мастера, кипятившего смолу, дёготь.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: основа на -о (Кипило) плюс патронимический суффикс -ов, то есть «сын Кипилы». Встречаются и однокоренные фамилии — Кипелов, Кипятков, но у Кипилова иная суффиксальная структура: суффикс -ил- указывает на деятеля (ср. «светило», «грузило»), что делает прозвище более конкретным, чем просто «кипящий».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где диалектное слово «кипіти» шире бытовало в переносном смысле. В документах XVII века встречаются упоминания казаков с прозвищем Кипило — в реестрах Запорожского войска такие именования фиксировались как неканонические, переходящие затем в фамилии потомков.

Сословный состав носителей был разнородным: среди Кипиловых встречались как крестьяне и однодворцы южных губерний, так и мещане. Дворянских родов с этой фамилией не отмечено, что указывает на её «низовое» происхождение — из среды ремесленников или вольных людей, получивших прозвище по характеру или занятию.