Фамилия Кипселиди — редкая в России, но типичная по своей модели для юга страны. Её окончание -иди сразу выдаёт греческое происхождение. В русском языке такие фамилии обычно заканчиваются на -иди или -идис, и указывают на патроним (происхождение от отца) или на принадлежность к роду. Суффикс -иди в греческом языке — аналог русских -ов/-ев или -ин, то есть «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Таким образом, Кипселиди — это «сын Кипсела» или «потомок Кипсела».

Основа фамилии — Кипсел (греч. Κύψελος). В древнегреческом это имя имеет два основных значения. Первое — «короткий меч» или «кинжал», что могло быть прозвищем воина или оружейника. Второе, более известное — имя коринфского тирана Кипсела, правившего в VII веке до н. э. Согласно легенде, его мать спасла младенца, спрятав в сундуке (по-гречески «кипсела» — «сундук, ларец»), и отсюда пошло имя. Впрочем, для фамилии XIX–XX века прямая связь с античным тираном маловероятна: скорее, это прозвище по внешности или роду занятий, либо имя, данное в честь святого (в православных святцах есть мученик Кипсел).

Географически фамилия Кипселиди почти наверняка связана с греческими диаспорами Причерноморья и Приазовья. Массовое переселение греков из Османской империи в Российскую империю происходило в конце XVIII — XIX веках, особенно после русско-турецких войн. Многие оседали в Крыму, в Мариуполе, в Одессе и в других городах юга России и Украины. Именно там фамилии на -иди и -оглу (тюркский вариант) стали привычными. Поэтому предки современных носителей фамилии Кипселиди, скорее всего, были понтийскими или малоазийскими греками, переселившимися в Российскую империю и сохранившими фамилию в исходной греческой форме.

В отличие от многих русских фамилий, у Кипселиди нет сословной окраски — её могли носить и крестьяне, и купцы, и священники. Склонение фамилии — мужской вариант не склоняется по падежам (Кипселиди, с Кипселиди, о Кипселиди), а женский может оставаться неизменным в бытовой речи, хотя по правилам греческие фамилии на -иди в русском языке обычно не склоняются вовсе. Это ещё одна деталь, которая отличает её от славянских фамилий и подчёркивает её греческое происхождение.