Фамилия Кисенберг — яркий пример немецкой топонимической фамилии, образованной по модели «основа + -берг». Вторая часть, -берг, означает «гора» и широко распространена в немецких фамилиях (Розенберг, Гольдберг, Айзенберг). Первая часть, Кисен-, скорее всего, восходит к названию местности или реки. В Германии существует несколько топонимов Кисен (Kissen) или близких к ним, а также река Киссе (Kisse) в земле Саксония-Анхальт. Таким образом, Кисенберг — это «житель горы у Кисена» или «выходец из местности Кисенберг».

Фамилия фиксируется в немецкоязычных регионах с XVIII века, преимущественно на востоке Германии и в Силезии. В Россию такие фамилии попадали вместе с волнами немецких переселенцев при Екатерине II и Александре I. Немцы-колонисты оседали в Поволжье, Причерноморье, на Волыни и в Закавказье. Поэтому у носителей фамилии Кисенберг в России, Украине или Казахстане, скорее всего, предки были среди этих переселенцев.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс указывает на принадлежность (Иванов — сын Ивана), немецкая модель на -берг чисто географическая. Она не говорит о роде занятий или отчестве, а только указывает на место, откуда человек родом. Если бы фамилия возникла на русской почве, она, вероятно, получила бы суффикс -ов или -ин, но Кисенберг сохранила исконную немецкую форму.

Встречаются варианты написания: Киссенберг, Кисенбург. Разница в окончании (-бург вместо -берг) может указывать на другую локацию: -бург означает «крепость, замок». Однако вариант на -берг значительно чаще и считается основным. В бытовой речи фамилию могли русифицировать, произнося с ударением на второй слог, хотя в оригинале ударение падает на первый: Ки́сенберг.