Фамилия Кишченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький» или «потомок» (буквально: «сын такого-то»). Суффикс -енко исторически был характерен для Поднепровья, Левобережной и Слободской Украины, и фамилии с ним массово фиксируются в реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков. Основа здесь — прозвище Кишок или Кишка (в украинском произношении «Кишка»), от которого образована уменьшительная форма Кишко, а затем и патронимическая фамилия Кишченко.

Прозвище Кишка в народной культуре могло относиться к человеку худому, тощему, «кишечному» — по аналогии с длинным и тонким органом. В славянской ономастике такие прозвища нередко давали по внешности: вспомните фамилии Кишкин, Кишковский или польское Kiszkowski. Впрочем, есть и вторая версия: в украинских говорах «кишка» могла обозначать и плетёную верёвку, ремешок, а в переносном смысле — изворотливого, хитрого человека. Оба значения могли стать источником прозвища.

Интересно, что в украинских реестрах XVII века встречается и фамилия Кишка без суффикса — например, казак Кишка в реестре 1649 года. От этой же основы позже пошли фамилии Кищенко и Кишченко, где чередование «к/ч» — обычное для украинской фонетики (сравните: «рука — ручка»). Форма Кишченко с двойным «ч» — результат ассимиляции: сочетание «шк» в разговорной речи перешло в «шч» (как в слове «дошка — дощечка»). Таким образом, Кишченко — это не искажение, а естественное фонетическое развитие.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины: Черкасской, Полтавской, Днепропетровской. В России она редка и чаще встречается у потомков переселенцев с Украины. Сословно обладатели фамилии в XIX веке были преимущественно казаками или крестьянами: суффикс -енко почти не встречался в дворянской среде, где предпочитали фамилии на -ский или -ов.

Итог: фамилия Кишченко — украинская по происхождению, образованная от прозвища, связанного с внешностью или характером. Её носители — потомки запорожских казаков или крестьян, а сама она — живое свидетельство фонетических процессов украинского языка.