Фамилия Кищун — редкий случай, когда географический указатель почти наверняка перевешивает все остальные версии. В русских фамилиях суффикс -ун почти всегда указывает на деятеля, человека с характерным действием: «бегун», «крикун», «молчун». Сразу хочется разложить и «Кищун» как «тот, кто кишит» или «кидается». Но в живой русской речи глагола «кищать» нет, а «кишеть» даёт прилагательное «кишащий», а не деятеля. Это заставляет искать другое объяснение.

Наиболее убедительная версия — западноукраинское или польское происхождение. Корень «кищ» (или «кищ-») напрямую связан с украинским словом «кишка». В этом случае «Кищун» — это прозвище, данное либо тощему, худому человеку (как «кишка»), либо, что вероятнее, торговцу или производителю кишок — колбаснику. Суффикс -ун в украинской и польской традиции также активен, но здесь он мог выполнять роль не столько деятеля, сколько носителя признака: «кишковый», «относящийся к кишкам». Фамилия могла закрепиться за ремесленником, работавшим с требухой.

В пользу такой версии говорит и география. Фамилия Кищун встречается в западных областях Украины (Волынь, Львовщина), а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В польском языке есть слово «kiszka» (колбаса) и фамилия Kiszkun, что является прямым аналогом. Русское ухо могло переделать польское «Кишкун» в «Кищун» из-за аканья или просто из-за особенностей произношения в местных говорах.

Версия с происхождением от личного имени или прозвища «Кища» (гипотетическая форма от Кирилл или Константин) менее вероятна: такие уменьшительные формы обычно давали суффикс -ин (Кищин), а не -ун. Таким образом, Кищун — это фамилия-прозвище, скорее всего профессиональное, связанное с мясным или колбасным ремеслом. Носитель такой фамилии мог быть тощим подмастерьем или же хозяином колбасной лавки в небольшом западноукраинском или польском местечке.