Фамилия Кишовара — редкая и, скорее всего, нерусская по происхождению. Её структура сразу выдаёт нетипичную для славянских фамилий модель: окончание -а, отсутствие привычных суффиксов -ов/-ев или -ин. Это заставляет искать корни за пределами великорусской ономастики.

Наиболее вероятная версия — венгерское или западнославянское происхождение. В венгерском языке слово «kis» означает «маленький», а «vár» — «замок, крепость». Соответственно, «Kisvára» могло быть прозвищем или топонимическим именем: «тот, кто из Малого замка» или «живущий у маленькой крепости». Венгерские фамилии часто оканчиваются на -а, и в XIX веке, при русификации документов в Австро-Венгрии или соседних губерниях, такое имя могли записать как Кишовара, сохранив вокалическое окончание. Альтернативная, но менее убедительная версия связывает фамилию с румынским словом «chiș» (маленький) и «vară» (лето) — прозвище могло относиться к человеку, родившемуся в короткое лето, но это выглядит натяжкой.

Если исходить из венгерской гипотезы, предки носителя фамилии могли быть выходцами из Закарпатья, Трансильвании или словацких земель, где венгерское влияние было сильным. Скорее всего, это были крестьяне или мелкие ремесленники, жившие рядом с небольшим укреплением. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной — её можно встретить в единичных записях метрических книг конца XIX — начала XX века, особенно среди переселенцев в южные губернии Российской империи. В современной России фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её узкую географическую привязку и нерусскую основу.