Фамилия Кишщенко — редкий случай, когда написание напрямую подсказывает, как её не стоит произносить и записывать. Двойное «щ» здесь не опечатка и не результат неграмотной фиксации в паспорте, а следствие живого фонетического процесса: корень, оканчивающийся на «ск», при добавлении уменьшительного суффикса «-к-» давал сочетание «скк», которое в речи упрощалось в долгий мягкий звук «щщ». В украинской и южнорусской традиции это записывали как «щщ» или «щч», отсюда и форма «Кишщенко».

В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Кишко (Кишка). В старину «кишкой» называли не только часть пищеварительного тракта, но и худого, тощего человека, а в некоторых говорах — извилистую тропу или узкий проход. Прозвище могло достаться либо очень сухощавому, либо изворотливому, «скользкому» человеку. Менее вероятно, но возможно, что прозвище дали по профессии: тот, кто делал кишки для колбас или торговал требухой.

Модель образования — типично украинская: основа Кишк- (от Кишко) + суффикс -енко, означающий «сын» или «потомок». То есть Кишщенко — буквально «сын Кишка». Удвоение «щ» в фамилии — графический рудимент, и в бытовом общении фамилия произносится как «Кищенко» или, с сохранением долготы, «Кишшенко». В документах XIX — начала XX века можно встретить варианты «Кищенко», «Кишченко» и «Кишщенко» — последний закрепился как нормативный.

Фамилия распространена в основном на востоке Украины и в прилегающих областях России (Курская, Белгородская, Ростовская области), что указывает на её происхождение из среды крестьянского или казачьего населения Слобожанщины. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, но в списках участников Великой Отечественной войны и в современных базах данных по Донбассу и Харьковщине она встречается регулярно — это фамилия людей из народа, без аристократического налёта.