Фамилия Кисибаев — яркий пример тюркской модели образования родовых имен. В её основе лежит составное мужское имя Кисибай, которое складывается из двух корней: «киси» (в диалектах — «киши») и «бай». Первый корень означает «воин», «мужчина», а второй — «мальчик», «богатый господин», «хозяин». Такая конструкция типична для тюркских имен-пожеланий: нарекая младенца Кисибаем, родители желали ему вырасти достойным воином, добиться достатка и уважения в роду. Имя должно было стать оберегом и программой на успешную жизнь.

Фамилия Кисибаев образована по распространённой в тюркской среде схеме: к основе Кисибай прибавили русский патронимический суффикс -ев, который в данном случае заменил тюркский формант -лы/-ли. На территориях, вошедших в состав Российской империи (особенно в Поволжье, Приуралье и Западной Сибири), такой гибридный способ оформления фамилий был нормой: имя отца становилось фамилией сына с помощью русского суффикса принадлежности. Изначально Кисибаевы — это потомки конкретного человека по имени Кисибай.

Сам корень «киши» (в форме «киси») встречается в тюркских языках в значении «человек», «муж», «воин». В ономастических трудах Б. Унбегауна и В. Никонова отмечается, что имена с компонентом «бай» были особенно популярны у казахов, башкир, татар и киргизов — они указывали на достаток и высокий социальный статус. Сочетание «воин-господин» встречается реже, чем, скажем, «батырбай» или «кулбай», что делает фамилию Кисибаев сравнительно редкой и локально привязанной.

Географически фамилия Кисибаев чаще всего встречается у башкир и казахов Оренбуржья, Челябинской области и Западного Казахстана. В этих регионах до сих пор бытует имя Кисибай, хотя в качестве личного оно почти вышло из употребления. Фамилия сохранила архаичную форму корня — «киси» вместо более привычного «киши», что может указывать на диалектную особенность или раннюю фиксацию в документах.

Словообразовательный разбор прост: основа Кисибай + суффикс -ев. Ударение, скорее всего, падает на третий слог — Кисибáев, хотя в бытовой речи возможны варианты. Никакой дополнительной морфологии в фамилии нет: она не переоформлялась, не русифицировалась дополнительно, а значит, сохранила исходный облик, близкий к тому, как её записали в метрических книгах или ревизских сказках XIX века.