Фамилия Кисибаев образована от восточного мужского имени Кисибай, которое восходит к двум тюркским словам: «киси (киши)», что означает «воин, мужчина», и «бай» - «мальчик», «богатый господин». Вероятно, родители, нарекая ребенка таким именем, хотели, чтобы в будущем их сын стал достойным воином и добился успехов в жизни. Таким образом, потомок человека, которого звали Кисибай, со временем получил фамилию Кисибаев.