Фамилия Кисюнька — редкий случай в русском ономастиконе. Она образована не от полного церковного или мирского имени, а напрямую от прозвища, причём с ярко выраженным уменьшительно-ласкательным суффиксом -юньк-. Такие суффиксы в фамилиях почти не встречаются: обычно русские фамилии строятся на -ов/-ев, -ин или -ский, а здесь мы видим редкую форму, застывшую в именительном падеже. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде, где прозвище было настолько устойчивым, что его не стали переделывать по стандартной модели «чей сын?» — Кисюнькин. Скорее всего, перед нами украинская или южнорусская фамилия, где подобные «голые» прозвища (без патронимического суффикса) фиксировались в документах как фамилии.

Основа «Кис-» восходит к глаголу «киснуть» или прилагательному «кислый». В русских говорах «кислый» означало не только вкус, но и характер: вялый, унылый, плаксивый человек. Однако прозвище Кисюнька, с ласкательным суффиксом, явно не было оскорбительным. Скорее всего, так в семье или в деревне называли любимого ребёнка или молодого человека с мягким, меланхоличным нравом — «кисуню», «кисю». В некоторых диалектах «кися» — это ласковое обращение к кошке, но для фамилии эта версия менее вероятна: кошачьи прозвища редко становились основой для фамилий без дополнительных суффиксов.

Версия о происхождении от имени Кис (как вариант греческого имени Кисс — «плющ») или от тюркского слова «кис» (девушка, зима) выглядит натянутой: фамилия слишком редкая и явно разговорная, чтобы связывать её с книжными или иноязычными корнями. Куда правдоподобнее, что Кисюнька — это прозвище, данное по поведению: «кислый» человек, которого в шутку или с нежностью называли уменьшительно. Фамилия не документирована в крупных исторических справочниках (например, у Веселовского или Тупикова), что подтверждает её локальный, возможно, крестьянский характер. Носители такой фамилии — скорее всего, потомки одного человека, чьё прозвище случайно закрепилось в документах именно в этой форме, минуя стандартную патронимическую обработку.