Фамилия Кизбабаева — редкий случай, когда географическая привязка видна почти сразу, но с этимологической расшифровкой нужно быть осторожным. Её основа — мужское имя Кизбаба, которое бытует в тюркоязычной среде. Суффикс -ев (женский вариант -а) указывает на русскую модель оформления фамилий, характерную для народов, вошедших в состав Российской империи: так фамилию «обрусели» грамматически, но корень остался нерусским.

Имя Кизбаба — составное. Первая часть «кыз» в тюркских языках означает «девочка», «дочь». Вторая — «баба»: в разных диалектах это «отец», «дед», «уважаемый старший», а также «ребёнок» (как ласковое обращение). Возникает кажущееся противоречие: «девочка-отец» или «дочь-старик». На самом деле, скорее всего, перед нами охранительное имя, которое давали мальчику, чтобы обмануть злых духов. В тюркской традиции считалось, что если назвать сына «девочкой» (Кыз), то он будет неинтересен потусторонним силам, и они его не заберут. Такая практика широко известна у башкир, татар, казахов и ногайцев. Вторая часть «баба» здесь усиливает значение «дитя», «малыш» — получается что-то вроде «девочка-крошка», но с магическим подтекстом.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит прозвище взрослого человека — например, мужчины, который растил одних дочерей, или того, кого в шутку называли «бабьим угодником». Однако охранительная версия для тюркских антропонимов куда типичнее.

Географически фамилия Кизбабаева встречается преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и у казахов Западного Казахстана. За пределами этих регионов она единична. Это сужает круг поиска: предки носителя фамилии с высокой вероятностью были башкирами, татарами или казахами, а сама фамилия оформилась не раньше XIX века, когда у кочевых и полукочевых народов начали массово записывать фамилии по отчеству.

Словообразовательная модель проста: имя Кизбаба + русский патронимический суффикс -ев (в женском роде -ева). Ударение, судя по произношению в среде носителей, падает на последний слог — Кизбаба́ева.