Фамилия Кижнерова — женская форма от мужской фамилии Кижнеров, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. В русских фамилиях распространены суффиксы -ов, -ев, -ин, но -еров встречается реже. Такая модель обычно указывает на то, что основа фамилии — не русское, а заимствованное слово или прозвище, которое адаптировали под русское окончание. В данном случае корень «кижн-» почти наверняка восходит к польскому или украинскому «киж» — так в некоторых диалектах называли кизил (кустарник с красными ягодами). Тогда Кижнер — это человек, связанный с кизилом: либо тот, кто его выращивал, либо прозвище по цвету волос или характеру (по аналогии с «кизиловый» — яркий, терпкий).

Есть и вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастике: связь с немецкой фамилией Küchner (от Küche — кухня). Немецкие колонисты, переселявшиеся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, нередко получали русифицированные окончания. Однако в этом случае мы бы ожидали форму «Кюхнеров» или «Кухнеров». Появление «Кижнерова» с твёрдым «ж» скорее говорит о южнославянском или западнорусском влиянии, чем о немецком.

Географически фамилия редкая и тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — современным Беларуси, Украине и прилегающим областям России (Брянская, Смоленская). В дореволюционных метрических книгах Кижнеровы встречаются в основном среди мещан и крестьян, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от дворянских родов.

Что касается ударения, то оно, скорее всего, падает на первый слог — Кижнерова, хотя в разговорной речи возможен перенос на второй слог. Это характерно для фамилий, где корень неочевиден: люди интуитивно ставят ударение так, как привыкли в своей местности.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Кижнер (без суффикса -ов), которая встречается у еврейских и польских семей. Кижнерова же — пример того, как иноземная основа обросла русским патронимическим суффиксом, превратившись в фамилию, звучащую по-русски, но хранящую память о южных корнях.