Фамилия Кизунова — женская форма фамилии Кизунов, а та, скорее всего, образована от прозвища Кизун. В русских говорах слово «кизун» имеет несколько значений, и чтобы понять, кем был первый носитель, нужно разобраться в диалектной лексике.

Наиболее вероятная версия связывает прозвище с глаголом «кизить» — капризничать, привередничать, или с существительным «киза» — плакса, нытик. В таком случае Кизуном могли назвать человека капризного, обидчивого или того, кто постоянно ноет. В некоторых северных и сибирских говорах «кизун» — это ещё и бранное слово, означающее «негодяй» или «проныра». Однако не стоит воспринимать прозвище однозначно негативно: в народной традиции такие имена часто давали «от обратного», чтобы уберечь ребёнка от сглаза, или же они закреплялись за взрослыми как ироничное прозвище.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным «кизун» в значении «кислое молоко» или «творог». Тогда прозвище мог получить любитель молочных продуктов или, наоборот, тот, кто их делал. Однако эта гипотеза слабее, так как прозвища от продуктов питания встречаются реже, чем от черт характера.

Суффикс -ов(-а) указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ на твёрдый согласный. Географически фамилия Кизунов встречается в основном на Урале и в Сибири, что подтверждает её диалектное происхождение — именно в этих регионах слово «кизун» было в ходу. Так что предки современных Кизуновых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из тех краёв, а фамилия закрепилась за ними как родовое имя по прозвищу родоначальника.