Фамилия Кизяченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой на Левобережной Украине. Такие фамилии в XVI–XVIII веках формировались как обозначение сына или потомка человека по его личному имени, прозвищу или занятию. В данном случае основа — Кизяк.

Корень фамилии не связан с каким-либо крестильным именем, а происходит от прозвища. В украинском и южнорусском говорах «кизяк» — это спрессованный навоз, который использовали как топливо в степных безлесных районах. Прозвище Кизяк могли дать либо пастуху, который заготавливал это топливо, либо человеку, жившему в мазанке, отапливаемой кизяком, либо, в переносном смысле, неопрятному или «чёрному» от работы человеку. В некоторых говорах слово имело ироничный оттенок — так могли называть медлительного или «тяжёлого на подъём» человека.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Кизяк → суффикс -енко (указывает на «сына Кизяка» или «потомка Кизяка») → Кизяченко. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кизяче́нко, хотя в современном бытовании возможны варианты.

Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Харьковской и Днепропетровской областям — к регионам украинской степи и лесостепи, где кизяк действительно был массовым видом топлива вплоть до XX века. В России фамилия встречается редко и, как правило, указывает на переселенцев с Украины во времена Столыпинской аграрной реформы или индустриализации.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что модель Кизяк (без суффикса) встречается чаще, чем Кизяченко — это говорит о том, что прозвище закрепилось как фамилия в двух формах: «отцовской» (Кизяк) и «сыновьей» (Кизяченко). Социальный состав носителей — преимущественно крестьянство и казачество, так как использование кизяка было бытом простого населения, а не шляхты или духовенства. Владельческий суффикс -енко не указывает на дворянство — в украинской традиции он был всесословным.