Фамилия Кхонова — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти наверняка не славянского происхождения, а восходит к языкам Северного Кавказа, скорее всего к осетинскому. Основа «Кхон» или «Хон» в осетинском языке может быть связана со словом «хон» — «звать, называть» или с именем собственным. В осетинских фамилиях часты форманты -ов/-ев, которые добавлялись к национальным основам при адаптации в русскую документацию в XIX веке.

Словообразовательная модель здесь простая: корень «Кхон» (с характерным для осетинского придыхательным «кх») плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность к роду. Женская форма — Кхонова. В отличие от русских фамилий, где -ов типичен для потомков по мужской линии, здесь он стал универсальным маркером фамилии как таковой, внесённым при записи в метрики.

Географически фамилия тяготеет к Северной Осетии, особенно к Дигорскому ущелью или равнинным селам. Встречается она и у ингушей, что объясняется тесными историческими связями народов: некоторые осетинские фамилии переходили в ингушскую среду через браки или переселения. В собственно русских землях Кхонова — единичные случаи, связанные с миграцией XX века.

Спорных версий немного. Иногда основу пытаются связать с тюркским «хон» — «гость», но это маловероятно: для тюркских фамилий в регионе типичнее суффиксы -лы или -оглы. Осетинское происхождение подтверждается и характерным произношением с придыханием, которое сохранили носители, и тем, что в осетинском языке есть целое гнездо родственных фамилий: Хонов, Ханаев, Кхохов.

Если ваш предок носил эту фамилию, он с высокой вероятностью был осетином-дигорцем, возможно, выходцем из горного села, где фамилия передавалась по мужской линии как родовое имя. В XIX веке такие фамилии фиксировали при переписях как «Кхоновы» или «Хоновы», а двойное «к» в начале — особенность письменной передачи осетинского гортанного звука, которую не всегда соблюдали писаря.