Фамилия Кхудайберганова — почти стопроцентный маркер среднеазиатского происхождения, а точнее — узбекского или каракалпакского. Её основа — тюркское мужское имя Худайберган (варианты: Кудайберген, Худайберген), которое переводится как «Богом данный» или «дарованный Всевышним». «Худай» здесь — бог, а «берган» — дал. Имя давали ребёнку, которого вымаливали, долго ждали или который родился после смерти предыдущих детей. По смыслу это полный аналог славянских имён Богдан и Феодор.

Строение фамилии прозрачное: к основе Худайберган добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем — типичное женское окончание -а. Мужской вариант — Кхудайберганов. Такая двойная русификация (тюркское имя + русский суффикс) — обычное дело для фамилий, которые оформились в XIX–XX веках на территории Российской империи и СССР. Необычное начало «Кху-» — это особенность передачи арабско-тюркского звука «х» с придыханием, иногда на письме его усиливали двойной буквой, чтобы подчеркнуть, что это не мягкий русский «х», а гортанный.

Сословно предки Кхудайбергановых, скорее всего, не относились к знати. Имя Худайберген было распространено в среде простых земледельцев, ремесленников, торговцев — в тех слоях, где ребёнка называли не в честь хана или полководца, а по обету или семейной истории. В документах XIX века такие фамилии встречаются у жителей Хивинского ханства, Коканда, Ташкента и окрестностей.

Географически фамилия сегодня встречается не только в Узбекистане, но и среди потомков переселенцев — в Казахстане, Киргизии, а также в России (особенно в регионах с диаспорами). Ударение, судя по интонации тюркского имени, падает на второй слог: Кхудайберга́нова.

Редкая буква «кх» в начале сразу привлекает внимание и нередко становится поводом для ошибок в написании — её путают с «Кудайберганова» или «Худайберганова». Но именно вариант с «кх» — старый, дореволюционный способ транслитерации, который закрепился в метриках и паспортах.