Фамилия Кланишин — редкая и по звучанию напоминает скорее западную, чем исконно русскую. Её происхождение, скорее всего, связано с польским или украинским корнем «клан» (klan), который в славянских языках имеет значение «род», «племя», «большая семья». Однако это не прямое указание на принадлежность к клану, а скорее прозвище или мирское имя. В польском слово «klan» могло также означать «шум», «крик», «ссора» — то есть прозвище Клан мог получить человек шумный, крикливый или, наоборот, главный заводила в роду.

Модель образования фамилии — суффикс -ишин, характерный для восточнославянских фамилий, особенно украинских и белорусских. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Кланишин, то есть сын или потомок Клана (или Кланиша). Суффикс -ишин менее распространён, чем -ов или -ин, и чаще встречается в западных регионах бывшей Речи Посполитой. Таким образом, предок носителя фамилии, вероятно, жил на территории современной Украины, Беларуси или юго-восточной Польши.

Интересная деталь: если отбросить суффикс, основа «Клан-» может быть не только прозвищем, но и искажённой формой имени Клеменс или Клавдий — в польском языке нередко «съедали» часть имени, оставляя короткий корень. Тогда Кланишин — это потомок некоего Клана, которого в XV–XVII веках так звали в быту.

В русских архивах фамилия почти не встречается, что подтверждает её западное происхождение. В современной России её носители, скорее всего, потомки переселенцев с Украины или из Беларуси, либо результат поздней миграции. Сословно предки могли быть и крестьянами, и мещанами — прозвища такого типа давали без оглядки на статус.