Фамилия Кларштейн — не русская по происхождению, а немецкая или еврейская (ашкеназская), что сразу видно по её строению. Она сложена из двух корней: «клар» и «штейн». Второй элемент, -штейн, в немецком языке означает «камень» и часто встречается в фамилиях, образованных от названий местностей, домов или прозвищ (сравните с Рубинштейн, Гольдштейн, Зильберштейн). Первая часть, «клар», может восходить к немецкому «klar» — «ясный, чистый, светлый». Таким образом, одна из версий — фамилия могла означать «светлый камень» или «прозрачный камень», что звучит как метафора или указание на конкретный минерал, например, горный хрусталь.

Другой, не менее вероятный вариант: фамилия образована от названия населённого пункта. В Германии и Австрии есть несколько мест с корнем «Клар» (например, Кларенталь), а также распространены топонимические фамилии на -штейн, указывающие на замок, скалу или укрепление. Человек по прозвищу Кларштейн мог быть выходцем из места, где добывали или обрабатывали камень, либо владельцем дома с вывеской «У ясного камня» — в средневековых городах такие именования домов часто переходили в фамилии жильцов.

В России и странах бывшего СССР фамилия Кларштейн встречается редко, почти исключительно у потомков немецких колонистов или еврейских семей, переселившихся в XVIII–XIX веках. Немецкие колонисты привозили с собой фамилии, зафиксированные ещё в метриках, и Кларштейн могла принадлежать ремесленнику-камнетёсу или владельцу мельницы на каменистой реке. У еврейских носителей фамилия часто искусственная, присвоенная чиновниками в ходе обязательной паспортизации в Австрийской или Российской империях — тогда давали «красивые» составные фамилии из немецких слов.

Словообразовательная модель типична для немецких фамилий: основа + суффикс-определитель (здесь -штейн, не суффикс в русском понимании, а второй корень). В русском языке фамилия не склоняется по падежам как типично немецкая: Кларштейн, Кларштейну, о Кларштейне. Ударение, скорее всего, на первый слог — Клáрштейн, хотя в разговорной речи встречается вариант на последний слог.

По сословной принадлежности предки Кларштейнов могли быть как крестьянами и ремесленниками, так и горожанами среднего достатка. Известные носители фамилии в истории не зафиксированы в общероссийских справочниках, но отдельные семьи встречаются в архивных записях по Одесской, Херсонской и Таврической губерниям — регионам, куда активно приглашали немецких колонистов при Екатерине II. Фамилия редкая, но её прозрачная этимология даёт чёткую картину: перед нами потомок человека, связанного с камнем, чистотой или конкретным местом, названным «Ясный камень».